どうやら以前書いていたBlogの方に今でもチラホラYouTubeで検索してやってくる方がいるようで、さすがにもう情報が古すぎてある意味「嘘」になってしまってますので改めてこっちで記しておこうかと。

とりあえずYouTube関連は、よっぽどの事が無い限り昔の様に抜き出してエンコードして結合してなんて作業は必要ないんじゃないかと思います。

TubeFire.com
とても便利なサイトです。このサイトだけで各種動画形式にエンコードしてくれます。

もちろん出来る限り高画質にしたいなどこだわりたい方は手動でやりましょう。(手動ってなんか変だけど)
とりあえず以前まとめたお役立ちソフトもリンクが生きている分は転載しときます。

YouTubeのFLVのURLを生成してくれるサイト
PiyoPiyoLabs

コーデックとか難しい事を考えずに使える動画プレイヤー
GOMPlayer
VLC media player

ダウンロードしたFLVをAVI等の形式に簡単に変換できるソフト
携帯動画変換君
(携帯電話・iPod・PSP向けにも使用できます)

各種動画形式のファイルの結合切り離しができるソフト
AnonyMouse-UniteMovie

MKV形式のファイルを連結するソフト
MKVToolnix